Η λέξη «ποντίφικας» προέρχεται από τη λατινική λέξη «Pontifex», που κυριολεκτικά σημαίνει «Κατασκευαστής Γεφυρών» (pons + facere). Η θέση του “Κατασκευαστή Γεφυρών” στη Ρώμη ήταν πολύ σπουδαία. Ο ποταμός Τίβερης που την διασχίζει είχε ιερή σημασία για τους Αρχαίους Ρωμαίους και μόνο ένας γνωστός και ευσεβής Ρωμαίος επιτρεπόταν να αλλοιώσει τον ποταμό με μηχανικές προσθήκες. Βέβαια, στην συγκεκριμένη περίπτωση μάλλον περιγράφει την δημιουργία γεφυρών μεταξύ Θεών και Ανθρώπων. Η λέξη από μερικούς θεωρείται και παραλλαγή της Ετρουσκικής λέξης για τον ιερέα.
Στη Ρωμαϊκή Ρεπούμπλικα ο Pontifex Maximus (“Maximus” = Ανώτατος, Ύπατος) ήταν ο ανώτερος άρχων της πολυθεϊστικής θρησκείας. Ήταν επίσης η σπουδαιότερη θέση στον Σύλλογο των Ποντιφίκων. Τον πρώτο καιρό της Δημοκρατίας ο Ποντίφικας διόριζε τα υπόλοιπα μέλη της κολλεγίας, της οποίας τα μέλη επίσης ονομάζονταν Ποντίφικες. Σύμφωνα με τον Κικέρωνα, ο θρυλικός βασιλιάς της Ρώμης Νουμάς Πομπίλιος ίδρυσε την Κολλεγία των Ποντιφίκων. Βέβαια, στη συνέχεια, εμφανίστηκαν και άλλοι θρησκευτικοί άρχοντες, ακόμη και σύλλογοι. Τα στοιχεία για τα πρώτα χρόνια είναι ελάχιστα, αν και κάποιες πηγές μιλούν για τα καθήκοντα του Ποντίφικα και για τις απαγορεύσεις που του ήταν επιβεβλημένες. Παρ’ όλα αυτά, κάποιες άλλες πηγές αναφέρουν ότι οι Ποντίφικες ζούσαν μια, διακεκριμένη βεβαίως, κανονική κοσμική ζωή χωρίς πολλούς περιορισμούς. Ο αριθμός των Ποντιφίκων εκλεγόταν από το κοοπτάτιο (cooptatio). Αρχικά ήταν 6 και ύστερα αυξήθηκαν σε 16, μέχρι την επιβολή της Μοναρχίας όπου η θέση περιορίστηκε σε μία, που κατεχόταν από τον ίδιο τον Αυτοκράτορα.
Ο Ποντίφικας δεν περιοριζόταν στον ιερατικό του ρόλο. Κατείχε, εκτός της θρησκευτικής, και πολιτική δύναμη, χωρίς να είναι σίγουρο ποια από τις δύο κρινόταν ως ισχυρότερη. Η κατοχή της θέσης δεν απαγόρευε την κατοχή δικαστικής η στρατιωτικής θέσης στον κάτοχο της. Εγκατασταθείς στο παλαιό Βασιλικό Ανάκτορο «Curia Regia» στην Ιερά Οδό ασκούσε την εποπτεία επί παντός ιερού θέματος. Οι Ποντίφικες κρατούσαν τα πρακτικά των εκλογών του δικαστικού σώματος και των δημόσιων ημερολογίων (annales maximi), εργασίες που τους πρόσδιδαν κύρος. Ακόμα συνέλεγαν πληροφορίες για την θρησκευτική παράδοση που αποτελούσε το δόγμα της θρησκείας τους. Τέλος, έλεγχαν το ημερολόγιο και το συγχρόνιζαν με την αλλαγή των εποχών, όποτε χρειαζόταν διόρθωση. Αυτό χρησιμοποιήθηκε από πολλούς Ποντίφικες για να παρατείνουν τον χρόνο που κατείχαν το αξίωμα ή να βοηθήσουν πολιτικούς συμμάχους τους – κάτι που οδήγησε σε ημερολογιακό χάος, το οποίο επιλύθηκε με την επιβολή του Ιουλιανού Ημερολογίου από τον Ιούλιο Καίσαρα.
Στην αρχή, μόνο πατρίκιοι είχαν δικαίωμα να καταλάβουν τη θέση αυτή, αλλά το 254 π.Χ. η θέση άνοιξε και για τους πληβείους. Μετά τη δολοφονία του Ιουλίου Καίσαρα και την εξορία του τότε Ποντίφικα Σύλλα, ο Αύγουστος Καίσαρας κατέλαβε τη θέση, κάνοντας την έναν από τους πολλούς αυτοκρατορικούς τίτλους.
Με την επικράτηση του Χριστιανισμού, ο τίτλος αυτός παρέμεινε προσδίδοντας στον φέροντα την θεολογική ερμηνεία του γεφυροποιού ή οδοποιού μεταξύ Θεού και ανθρώπων.
Τον τρόπο εκλογής του Ύπατου Ποντίφικα όρισαν κατά πρώτον η παράδοση, ο σχετικός νόμος του 332 π.Χ., ο Δομίτιος Νόμος (lex Domitia) του 104 π.Χ. και οι νόμοι του Λεύκιου Κορνήλιου Σύλλα του 80 π.Χ. Μερικές διατάξεις αυτών των νόμων σχετικά με την Ποντιφίκια λειτουργία ισχύουν μέχρι σήμερα.
Στα αυτοκρατορικά χρόνια, το αξίωμα του Ύπατου Ποντίφικα αναλαμβανόταν από τον εκάστοτε Αυτοκράτορα, έως τον Γρατιανό, που πρώτος το αρνήθηκε το 375.
Για πρώτη φορά χρησιμοποιήθηκε ειρωνικά από τον Τερτυλλιανό τον 3ο αιώνα μ.Χ. για να χαρακτηρίσει τον Πάπα Κάλλιστο Α΄. Επίσημα χρησιμοποιήθηκε τον 6ο αιώνα μ.Χ. από τον Πάπα Γρηγόριο Α’, για να δηλώσει την υπεροχή της Ρωμαιοκαθολικής Εκκλησίας και την πολιτική ηγεμονία του Βατικανού.
Από τότε παρέμεινε ένας από τους τίτλους των προκαθημένων της και των Ποντιφίκιων συμβουλίων της.